বিজ্ঞানীদের মতে, লক্ষাধিক বছর আগে ইজিয়ান সাগরে আগ্নেয়গিরির অগ্ন্যুৎপাতের ফলে বৃত্তাকার একটি দ্বীপের সৃষ্টি হয়। সময়ের বিবর্তনে সাধু আইরিনির নামানুসারে এর নাম হয়ে যায় সান্তরিনি।